No han sido años fáciles para llegar hasta ahora (ver aquí). Además de la pérdida patrimonial, el problema derivó en un continuo deterioro que hizo que se llegara a un acuerdo de cesión con el Obispado, por el que el Ayuntamiento se hacía con la propiedad del templo, además del antiguo local parroquial que estaba en grave peligro de mantenimiento y que ha sido rehabilitado (ver aquí) y transformado en una gran sala cultural con una escuela de artes escénicas y espacios para conferencias y exposiciones.
Una vez cedido el espacio, en 2015 se consiguió financiación a cargo del 1% Cultural (ver aquí) para poder rehabilitar el edificio y convertirlo en un Museo en el que mostrar el patrimonio asidonense que, a pesar de contar ya con un Museo Arqueológico, no puede exponer la totalidad de los fondos por falta de espacio.
Cuando terminen las obras comenzará el proyecto museográfico, que estará centrado en dos momentos históricos de Medina Sidonia. En la nave de la iglesia y en el presbiterio se expondrán piezas relativas a la época romana de la ciudad, la antigua colonia de Asido Caesarina Augusta. Así, albergará por un lado columnas, frisos, capiteles, piezas escultóricas, epigrafía... reservándose en la zona del presbiterio para las dos estatuas de togados que actualmente se encuentran en la entrada del Ayuntamiento.
Una escalera de madera "abrazará" una de los pilares del templo, a modo de púlpito, que dará acceso a la planta superior de la iglesia (coro y galerías) en la que se tratará otro de los momentos clave de la ciudad, la época medieval. Será una especie de centro de interpretación del recinto amurallado medieval, aprovechando que San Agustín se encuentra en el barrio de Santa María, el más antiguo de la ciudad. Esta zona albergará una maqueta del barrio, en donde se observarán el recinto amurallado, el Castillo, la Villa Vieja, el Alcázar, etc. en definitiva, explicar la evolución del núcleo urbano amurallado entre los siglos V y XV.
Por último, cabe mencionar los retablos y demás bienes muebles del templo. Por un lado, los retablos laterales fueron desensamblados y catalogados, presentando la mayoría un pésimo estado de conservación debido al deterioro del tiempo y a inadecuadas intervenciones anteriores. El retablo mayor sí parece que va a ser restaurado. Queremos insistir en la necesidad de recuperar este magnífico retablo barroco, dada su importancia. Fue realizado por Francisco Bartolomé y Medina, el mismo artífice del retablo mayor del convento de Jesús, María y José de la localidad.
El resto de obras (cuadros, esculturas) deberían también ser recuperadas, tanto las que obran en propiedad del consistorio (las menos) como las que tiene a recaudo la Iglesia, que se encuentran amontonadas en dependencias.
